Class NucleicRenderer


  • public class NucleicRenderer
    extends Object
    extends CartoonRenderer for nucleics
    • Field Detail

      • cartoonBaseEdges

        private boolean cartoonBaseEdges
      • cartoonBlocks

        private boolean cartoonBlocks
      • blockHeight

        private float blockHeight
      • cartoonLadders

        private boolean cartoonLadders
      • cartoonRibose

        private boolean cartoonRibose
      • rPt

        private javajs.util.P3[] rPt
      • rPt5

        private javajs.util.P3[] rPt5
      • rScr

        private javajs.util.P3[] rScr
      • rScr5

        private javajs.util.P3[] rScr5
      • basePt

        private javajs.util.P3 basePt
      • backbonePt

        private javajs.util.P3 backbonePt
      • baseScreen

        private javajs.util.P3 baseScreen
      • backboneScreen

        private javajs.util.P3 backboneScreen
      • ptTemp

        private javajs.util.P3 ptTemp
      • colix

        private short colix
      • cartoonSteps

        private boolean cartoonSteps
      • scrBox

        private javajs.util.P3[] scrBox
      • triangles

        private final int[] triangles
    • Constructor Detail

      • NucleicRenderer

        public NucleicRenderer()
    • Method Detail

      • renderNucleicBaseStep

        private void renderNucleicBaseStep​(int im,
                                           javajs.util.T3 ptPnext,
                                           javajs.util.T3 scrPnext)
      • renderSteps

        private void renderSteps​(NucleicMonomer g,
                                 int i)
      • transformPoints

        private void transformPoints​(int count,
                                     javajs.util.T3[] angstroms,
                                     javajs.util.P3[] screens)
      • drawEdges

        private void drawEdges​(javajs.util.P3[] scr,
                               javajs.util.P3[] pt,
                               int n)
      • renderLeontisWesthofEdges

        private void renderLeontisWesthofEdges​(NucleicMonomer nucleotide)
      • renderEdge

        private void renderEdge​(javajs.util.P3[] scr,
                                javajs.util.P3[] pt,
                                int i,
                                int j)
      • renderCyl

        private void renderCyl​(javajs.util.P3 s1,
                               javajs.util.P3 s2,
                               javajs.util.P3 p1,
                               javajs.util.P3 p2)
      • renderTriangle

        private void renderTriangle​(javajs.util.P3[] scr,
                                    javajs.util.P3[] pt,
                                    int i,
                                    int j,
                                    int k,
                                    boolean doShade)
        Parameters:
        scr -
        pt -
        i -
        j -
        k -
        doShade - if shade was not calculated previously;
      • renderRing6

        private void renderRing6()
      • renderRing5

        private void renderRing5()
      • renderRibose

        private void renderRibose()